La nascita e il primo rapido sviluppo del porto franco di Trieste si svolgono nel secolo XVIII, contraddistinto dalle riforme portate dall'Illuminismo e dallo svilupparsi della scienza dell'economia politica favorevole ai liberi commerci e al sostegno dell'iniziativa privata (opere di Galliani, Genovesi dello Smith). Tre le date significative: 1717, editto di Carlo VI per la libera navigazione nell'Adriatico; pace di Passarowitz tra l'Impero e gli Ottomani a favore del commercio austriaco nei loro territori; 1719, istituzione del porto franco a Trieste con esenzione dai dazi, libertà di stabilimento, transito, negoziazione. Con il governo di Maria Teresa il porto franco si sviluppa mediante grandi opere (molo a difesa dalle mareggiate, molo San Carlo, bonifica e urbanizzazione delle saline e scavo del canal grande, apertura della strada per Vienna) e opportuni provvedimenti e concessioni a beneficio delle diverse comunità (greca, illirica, israelitica, elvetica, luterana, armena).
Una nuova fase di sviluppo e ingrandimento è marcata dal regno di Francesco Giuseppe, specie dopo la perdita di Venezia che induce a concentrare le risorse sul porto di Trieste. Vengono costruiti imponenti nuovi impianti portuali e magazzini, ora denominati costituire il Porto Vecchio, aperta un'ardita ferrovia per Vienna (Meridionale inaugurata nel 1857), disposte provvidenze legislative per l'attività commerciale. L'apertura del canale di Suez (1869) apre al porto nuove importanti vie di traffico. Mutano nel tempo le caratteristiche delle attività portuali da emporiali ad attività di transito veloce e, in ragione di ciò, nel 1881 viene soppresso il porto franco e il regime di franchigia doganale ristretto a punti franchi delimitati.
Il nuovo secolo vede la costruzione di un nuovo porto nell'area di Sant'Andrea e di una nuova linea ferroviaria detta “Transalpina” per un più rapido collegamento con l'interno (1907). Il passaggio di Trieste all'Italia a seguito della 1^ guerra mondiale non altera i regime dei punti franchi, conservati con il Regio Decreto del 1922, pur se il mutato quadro geopolitico appare sfavorevole al commercio triestino. Il trattato di pace conclusivo della 2^ guerra mondiale (1947) prevede la destinazione di Trieste e del porto a un costituendo Territorio Libero, che non viene in fatto attuato, perdurando il regime di occupazione militare alleata. Il Memorandum di Londra del 1954 restituisce Trieste all'Italia che si obbliga, all'art. 5 dello stesso, di mantenere il porto franco in generale corrispondenza con l'Alleato VIII del Trattato di pace che ne dava il regime ove fosse stato istituito il Territorio Libero. Con tutti i suoi atti successivi l'Italia mantiene l'impegno ritenendosi vincolata dai principi dell'Allegato VIII, cui le norme nazionali effettuano un rinvio materiale recettizio, e conservando in tal modo lo speciale regime di extra-doganalità dei punti franchi anche in deroga alla normativa introdotta in materia dall'Unione Europea. Recenti interventi normativi, a seguito della legge finanziaria del 2014, hanno consentito di adeguare le aree di porto franco alle mutate esigenze del commercio, del transito e dell'eventuale attività industriale, dando un'organica disciplina della sua gestione, sopprimendo zone non più funzionali e individuando aree nuove per il suo sviluppo